与一般的投资项目相比，清洁发展机制项目需要满足额外的要求，经历额外的审批程序等，使得清洁发展机制项目的开发给开发者带来一些额外的交易成本。清洁发展机制是一个新的事物，很难准确估计交易成本的大小。据估计，对于一个大型清洁发展机制项目而言，交易成本有可能高达 20 万～ 25 万美元 (Pembina Institate ， 2003) 。清洁发展机制项目开发者需要承担的交易成本主要发生在如下方面：

· 项目搜寻

· 发展／选择基准线方法学并且估计项目减排量

· 准备相关技术文件

· 东道国的批准，利益相关方的咨询和环境影响评价

· 准备 CER 购买协定

· 指定经营实体对项目的审定

· 注册费

· 监测

· 核查和核证费用

· 适应性费用 ( 总 CERs 的 2 ％ )

· 清洁发展机制的管理费用

    这其中的一些费用是一次性的，包括：项目搜寻、发展／选择基准线方法学并且估计项目减排量、准备相关技术文件、东道国的批准、利益相关者的咨询和环境影响评价、准备 CER 购买协议、指定经营实体对项目的审定、注册费等。而监测费用、核查和核证费用、适应性费用和清洁发展机制的管理费用则是在整个项目过程中一直发生的。当然，有些费用的发生与东道国的要求紧密相关，如果东道国没有这方面的额外要求，相关的费用也不会发生。例如，如果东道国对于清洁发展机制项目没有与一般建设项目相比额外的环境影响评价要求，则这个交易成本中就不会包括这部分费用。

    有些费用也可以通过适当的方式降低。比如，如果东道国政府能够与投资国政府合作，采取适当的方式来促进两国企业间的合作，则项目搜寻成本可以大为降低。随着经过批准的方法学越来越多，项目开发者可以选择应用经批准的方法学，而不必自己开发新的方法学，从而大大降低确定项目的基准线、监测计划等的成本。随着国际碳市场上项目经验的逐渐增多，一些交易的 CER 购买合同有可能作为样本供其他企业参考，因此也就可以相应地降低与此相关的交易成本。

    越早进入碳市场的企业，因为相关的市场经验较少，面临的交易成本越高。晚进入市场虽然交易成本可以相应降低，但有可能会错失很好的项目合作机遇。考虑到第一承诺期的开始日期越来越近，加之项目的开发和建设都需要一定的时间，而且项目只有在开始运行后才能产生减排量，尽早参与国际清洁发展机制项目合作就显得越来越重要。