碳排放交易制度不仅是国家应对气候变化的重要政策工具，也是环境公共治理框架的一个重要组成部分。建立全国碳交易体系是一项长期复杂的系统工程，从现有试点省市运行情况来看，中国的碳排放交易市场仍存在很多问题。

首先，交易规则不一致，推广难度较大。中国是一个具有典型“二元经济”特征、区域发展不平衡的国家。同时，东部、中部、西部的改革进程差异大，金融资源不平衡。基于中国区域发展的差异性，现阶段多区域碳交易市场并行可以适应不同区域的经济发展水平，体现差异化的减排目标和成本，进而提高碳交易市场的运行效率。但是“两省五市”各自同时开展区域碳交易市场机制设计，政策、技术相互独立，必然会出现交易规则上的不一致，这将给未来全国范围内的推广工作增加难度。

其次，交易日比例较低，交易不连续。截止到2014年11月13日，“两省五市”碳交易试点累计成交额为4.54亿元，交易量为1.43亿吨。相较于发达国家碳交易市场，中国碳交易量较小并且企业的履约率较低。另外，试点省市的碳交易存在断断续续的情况，交易之间间隔时间较长，重庆市甚至出现首笔交易之后再无交易的情况。根据各试点省市启动交易之日至2014年11月13日的数据统计，交易日比例最高的试点省市为深圳，达到69.86%；其次为湖北，交易日比例为66.67%；北京、上海、广东的交易日比例均低于50%；重庆交易日比例最低，为0.68%。（如表2所示）

第三，企业按期履约率低，市场活跃度较差。由于试点省市启动时间较短，配额企业首次履约，加之各试点设计的惩罚力度较低，对企业的约束能力较差，因此，目前试点省市普遍存在企业履约率低、市场活跃度差的问题。根据已有信息统计，深圳和上海是仅有的两个按期履约的试点单位，其他几个试点均由于各种原因未能按期履约。