祖父式的分配方法也受到了公平和效率的质疑
其次，祖父式的分配方法也受到了公平和效率的质疑。（1）“祖父法”框架下排放权配额的获得基于企业的历史排放水平，那么历史排放越多所获排放配额越高，如果企业之前开展了减排行动，反而会导致所获排放配额绝对数量的减少，这被认为是鼓励高排放而打击企业先前的自主减排努力。（2）由于不同行业在一国的排放总量中所占比重不同，其减排潜力存在明显的差异。“祖父法”的分配方式无法体现行业排放和减排潜力的差异化特征，不能很好地调动不同行业减排的差异化努力，也难以充分带动市场更好地配置减排资源。（3）在对待市场新进主体的问题上，“祖父法”也会导致竞争的不公。同市场已有主体相比，市场新进主体往往倾向于使用最新的技术，也具有更高的能源效率。然而在“祖父法”的分配方式下，新进主体获取配额反而更难，从而打击企业减排的主动性。（4）免费发放有悖于污染者付费的环境法基本原则，同时免费发放的配额包含一定的市场价值，不利于资源流向低碳产业，也不利于低排放技术的研发和推广。
在欧盟排放交易市场第一和第二阶段所积累的经验基础之上，欧洲委员会在2009年对调控交易市场的法律框架进行了修订。主要内容包括：（1）在第三阶段（2013～2020年）将成员国自主决定排放总量和配额分配方式的权力收回到欧盟层面，实行欧盟一体化的排放总量限制；（2）进一步限制减排主体可抵充的
碳汇信用的数量，扩大交易市场的覆盖范围，纳入
航空业，限制第二阶段的可用额度在第三阶段的使用；（3）规定了配额分配方式从“免费发放的祖父法”向“拍卖法”转变的具体时间表。
