重点生态功能区分为限制开发的重点生态功能区和禁止开发的重点生态功能区。限制开发的重点生态功能区包括《全国主体功能区规划》确定的甘南黄河重要水源补给生态功能区、祁连山冰川与水源涵养生态功能区，《甘肃省主体功能区规划》确定的“三屏四区”重点生态功能区。禁止开发区域包括《甘肃省主体功能区规划》中确定的及新设立的国家级和省级自然保护区、世界文化自然遗产保护区、风景名胜区、森林公园、地质公园、湿地公园。

　　1.限制开发的重点生态功能区。严格控制温室气体排放增长。制定严格的产业发展目录，严格控制开发强度，限制新上高碳工业项目，逐步转移高碳产业，对不符合主体功能定位的现有产业实行退出机制，因地制宜发展特色低碳产业，以保护和修复生态环境为首要任务，努力增加碳汇，引导超载人口逐步有序转移。在条件适宜地区，积极推广沼气、风能、太阳能、地热能等清洁能源，努力解决农村特别是山区、高原、草原地区农村能源需求。加大黄土高原、青藏高原等气候变化脆弱地区生态工程建设与扶贫力度，加强国家扶贫政策和应对气候变化政策协调，推动贫困地区加快脱贫致富的同时增强应对气候变化能力，研究建立贫困地区应对气候变化扶持机制。（省发展改革委、省工信委、省国土资源厅、省农牧厅、省环保厅、省建设厅、省扶贫办、省气象局等部门）

　　2.禁止开发区域。依据法律和相关规划实施强制性保护，严禁不符合主体功能定位的各类开发活动，按核心区、缓冲区、实验区的顺序，引导人口逐步有序转移，逐步实现“零排放”。严格保护风景名胜区内自然环境。禁止在风景名胜区从事与风景名胜资源无关的生产建设活动。根据资源状况和环境容量合理核定最大旅游承载量。加强生物多样性保护，根据气候变化状况科学调整各类自然保护区的功能区。（省发展改革委、省国土资源厅、省建设厅、省旅游局、省环保厅、省林业厅等部门）