加州的基准线同样基于“一产品一基准值”的原则，具体的基准值取同一产品碳排放强度的加权平均值的90%，权重为产品产量。当结果低于最先进的企业水平时，取该先进企业的碳排放强度作为基准值。此外，加州碳市场还考虑了碳市场导致的外购能源的价格上涨，因此引入了电力与热力消费的调整因子，分别为0.431tCO2e/MWh以及0.663tCO2e/MMBtu用于抵消外购能源消费的成本上升。加州碳市场共制定了18个行业中28个产品的基准值。

碳市场中的基准线通常设置在行业先进水平的一端，达到此排放水平的企业可以获得足够的配额，否则会面临合规的压力，借此引导企业降低碳排放强度。其次，由于基准线设定相对严格，在配额分配方案中不容易出现配额分配过量的情况。尽管基准线法在配额分配中有众多的优点，但是基准值也存在一些问题，例如获取过程较为复杂，特别是企业数据的获取，工艺边界的界定等方面存在技术难点。行业与产品数量非常多，相应的基准值个数也非常多，因此前期需要投入大量的时间与资金。另外，行业的碳排放强度随着技术发展与更替会逐步下降，因此基准值的应用需考虑它的时效性。

一般情况下，基准值不应区分同一产品的不同工艺技术、燃料选取、原料质量、生产线的规模与年限等因素，留给企业最大限度的灵活性来降低碳排放强度。然而实际应用中为了体现对现有设施的公平性，会区分不同的工艺、机组、规模等因素制定不同的基准值，如北京、上海与广东试点的电力行业均区分了不同的装机容量与机组类型给出了不同的基准值。以上海为例，燃煤机组的基准值按超超临界、超临界、亚临界三类型以及不同的装机规模给出了2013年~2015年每年6个行业基准值。2015年的数值中，基准值从0.7366~0.8136吨二氧化碳/兆瓦时，差异幅度达10%。如果应用统一的基准值，小型的装机将面临巨大的配额空缺压力。从这个例子中可以看出基准线设置的方法对企业具有相当大的影响，企业、行业协会积极参加到基准线的设计与获取中具有现实意义。