由于技术落后、政策不规范等原因，太阳能产业在国内存在着严重的污染问题。其一，就生产过程来看，多晶硅生产过程会产生大量有毒物质。由于国内生产技术落后，没有实现整个生产流程的闭环运行，多晶硅生产后产生的废水、废气、废渣等废弃物得不到有效处理和利用，对大气、水、土地等资源造成严重污染。其二，就使用过程来看，存在着发电铅污染和光污染问题。其三，就使用后回收过程来看，存在废弃物污染问题。光伏发电系统废弃物对环境具有很强的破坏性。光伏发电系统使用的蓄电池大部分都是铅酸蓄电池，该电池内含有大量的铅、锑、镉、硫酸等有毒物质会对土壤、地下水、草原等造成污染。青海省2011年组织的抽样调查结果显示，绝大多数家庭用户基本没有考虑过光伏废弃物的污染及如何处理这些废物的问题，约74%的用户随处乱扔，6%的用户随生活垃圾堆放，20%的用户出售。就三江源地区而言，目前已经产生850多万只光伏废弃物件(仅40万只被生产光伏蓄电池的企业主动回收)，且一直在增加，这又可能造成三江源地区继草原生态恶化之后的又一大生态环境问题，需要引起高度重视。