CDM项目中，买卖双方交易的内容是经核证的温室气体减排量。项目温室气体减排量的计算步骤如下：核实监测报告中的实际排放数据，然后用基准线情形下的排放量减去项目的实际排放量，并且根据泄漏进行调整。这个看似简单的计算过程，实际上涉及到了CDM方法学大量复杂的内容，包括建立基准线的方法学、监测的方法学、确定项目边界和泄漏估算的方法学等。下面我们将对这个计算过程进行分步解析。
计算基准线情形下的排放量
在设计阶段中完成项目设计文件的时候，项目开发者需要计算项目的基准线。
CDM项目的基准线是合理地代表一种在没有拟议的CDM项目活动时会出现的温室气体源人为排放量的情景。基准线研究和核准是CDM项目实施的关键环节。对于每一个项目来说，计算基准线所采用的方法学必须得到执行理事会的批准，而且，基准线需要得到指定经营实体的核实。获得批准最简单的方式就是项目建议者采用一个已经批准的方法学。在这种情况下，剩下的工作就是只需要证明这个方法学适用于这个项目。经执行理事会批准的基准线方法连同相关指导意见，在《气候变化框架公约》清洁发展机制(UNFCCCCDM)网站(http://unfccc.int/cdm)上可以查到。
对于不同的项目，适用的方法学是不同的。例如，对于提高能效项目来说，基准线的计算需要对现有设备的性能进行测量；对于可再生能源项目来说，基准线计算可以参照项目所处地区最有可能的替代项目的排放量。
项目参与者也可以提出一种以透明和保守的方式建立的新的基准线方法。在制订一种新的基准线方法时，第一步是找出最适合该项目活动的基准线设定途径，然后确定一种适用的基准线方法。基准线设定途径是基准线方法学的出发点，由执行理事会商定，有三种设定途径：现有真实的或历史排放量，视可应用的情况而定；在考虑了投资障碍的情况下，一种代表有经济吸引／竞争力的主流技术的排放量；过去五年在类似社会、经济、环境和技术状况下开展的、其绩效在同一类别位居前20％的类似项目活动的平均排放量。
确定了适用的基准线设定途径，项目参与者就可以向CDM执行理事会指定的经营实体提出新方法建议，具体做法是将所建议的方法写入项目设计书(CDM-PDD)草案，包括描述该项目活动和列明项目参与者。所建议的新方法将按以下方式处理：如果指定的经营实体认定这是一种新的方法，则不做进一步分析，即将该文件转交执行理事会。执行理事会应当迅速地，如有可能在其下届会议上，但最迟不晚于四个月，审议所建议的方法。一旦获得执行理事会的批准，这一方法学就成为适用于该类项目的标准方法学名单中的一个。指定的经营实体随后可继续进行该项目活动合格性的确认过程，并提交项目设计书以供登记。
