目前我国环境治理主要运用三个手段，即指标控制、项目审批、价格补贴，与传统计划经济时期的管理方式非常相似。在市场化进程中，政府的这三种经济管理手段都在进行改革，环境监管领域的改革相对滞后。

一是指标控制。“十一五”规划中首次制定了3个节能减排约束性指标，“十二五”规划增加到7个。这些年，节能环保部门把大量精力放在这几个指标的分解下达、检查落实上。这里涉及到如何对待政府制定的指标问题。从上世纪90年代开始，国家就对计划体制进行了大幅度改革。计划指标从原来的约束性指标，总体上转变为预测性、指导性指标；新设的几个节能环保指标则坚持了约束性，完不成就要对地方问责。计划经济时期制定和下达指标要经过几上几下、综合平衡；分解下达节能环保约束性指标则主要靠公式，地方与中央讨价还价的余地比较小。每个五年规划中，节能环保约束性指标刚下达时完成起来很难，但经过努力都能完成。这种相关主管部门自己定指标、自己下达、自己统计、自己考核，缺少第三方参与的指标控制方式，是否客观、公正、有效，还有待进一步验证。

二是项目审批。环评报告审批、节能评估报告审批是各类建设项目的前置审批事项。对这两个环节有关部门把关很“严”，企业投入与耗时较长。环评和节能评估一旦通过，实际执行情况往往很难掌控，存在着“重前期审批、轻过程监管”的问题。

三是价格补贴。为了将企业经济活动的外部成本内部化，世界各国采取的措施都是“谁污染、谁治理”，或者“污染者付费制度”。而我国使用价格补贴作为治理排放的经济手段，凡脱硫、脱硝的发电企业，国家上调上网电价和销售电价，补贴其增加的成本，也就说“企业污染，消费者付费”。很多发电企业不按规定运行脱硫、脱硝设施，电价补贴就会变成利润留在企业。消费者出了钱，实际减排效果却未达预期。