在CDM项目审定和注册以前，项目参与者必须得到所在国DNA的书面批准。通常，这些国家是指附件一和非附件一国家。但是，一个CDM项目可以在没有附件一发达国家批准的情况下，继续进行CDM项目的注册，这种项目类型被称为『单边CDM项目』。有附件一和非附件一国家共同参与的，称『双边CDM项目』。但这不意味着单边项目就完全被赦免提交一份附件一国家DNA的批准文件。当一个单边项目的开发者后来找到了附件一国家的CERs购买者，并请求CDM执行理事会把该项目签发的CFRs划拨给买方，CDM执行理事会仍然会要求得到附件一国家的DNA批准文件。

       获得了各国DNA的批准后，项目参与方应该从『指定经营实体』DOEs名单中挑选一家并签订服务合同。『指定经营实体』是CDM执行理事会委派和指定的第三方机构，具有审定、核查、核证CDM项目的资格和权力。『指定经营实体』在签署服务合同时，一般要仔细审阅项目设计文件和其他资料，以确认项目是否满足了CDM的有关要求，并建立和公布一个网址，使得项目设计文件PDD可连接到UNFCCC的CDM网站，或者直接在UNF CCC的CDM网站上公布项目设计文件。PDD网上公布的30天内，对收到的各利益相关方、有授权的非政府机构等的各种评价，应及时地予以承认和公示所有评价的内容、解释、说明及评论者的联系方式等。如果审定阶段中，项目参与方希望改变所用的已批准方法学，或改变所适用方法学的版本，『指定经营实体』必须把有关内容公布于网站上30天。

       项目的注册是『指定经营机构』在完成审定CDM项目的合格性之后，使用『CDM项目活动注册和审定报表』、项目设计文件、东道国书面批复和有关评价问题的解释等资料，准备好审定报告。然后使用UNFCCC秘书处提供的基于互联网的电子文件提交工具，向秘书处传递项目注册的申请。提交了所有文件信息后，『指定经营实体』会自动收到一个唯一的编号，可用来确认注册费的转账情况和查询注册审批的进展。秘书处将决定DOE提交的有关项目注册的所有文件和信息是否齐全。在注册费先行缴纳和秘书处发出关于申请注册文件齐全的确认之后，『项目注册的申请』就算是正式开始并在UNFCCC的CDM网站上公示至少8个星期。

       在注册环节中，项目参与方需缴纳注册费。注册费是作为CDM行政管理费用收益分配的一部分应缴款来收取的，具体金额则按照项目活动计入期内预计每年的减排量来计算的。每年15000吨二氧化碳当量内的CERs需交纳0.10美元/CER；超出15,000吨以上的部分按0.20美元/CER收取。无论多大的项目，注册费的总额均不超过350,000美元。每年预计减排量低于15,000吨二氧化碳当量的项目活动不需要交纳注册费。