项目活动的监测是项目参与方按照项目设计文件所详细描述的监测计划，在项目活动的执行过程中，对有关温室气体减排的所有资料、参数等进行有目的、定期、可复查的记录、收集和归档。按UNFCCC的定义，监测是『为决定基准线、测量某CDM项目边界内的温室气体人类性排放和可适用的泄露，对全部的有关资料进行收集和存档』。因此，注册项目之前监测计划需要得到CDM执行理事会的批准。如同基准线方法学，监测方法也存在正常的『已批准监测方法学』和适用于小规模项目活动的『简化监测方法学』。CDM的模式和程序允许项目参与方对监测计划进行不时的修改，但有关修改需要由DOE审定，并且有关监测计划的修改应在签发CERs之前由项目参与方完成及DOE审定。

       核查是由『指定经营实体』按正式的程序对所监测的温室气体减排进行定期和独立的检查和事后的确认。核证则是『指定经营实体』出具书面文件，保证特定项目活动实现了所核查的温室气体减排量。核查的要点包括：检查监测报告是否满足了已注册批准的项目设计文件中的条件要求；检查监测方法学是否得到了准确的运用；如需要的话，执行现场检查或要求项目开发者提供更多的信息资料；给项目开发者推荐计入期内任何可能的监测修改及调整；最后决定CDM项目活动所产生的温室气体实际减排量。

       项目参与方需从DOE名单中选择一家机构来进行项目的核查和核证，并给相关DOE提交监测报告。UNFCCC的官方文件中没有要求监测结果的更新频率，但当前大多数项目开发者和参与方的通常做法，是每一年或者每半年完成一次监测报告，交由DOE进行核查。然后，DOE把监测报告制作成PDF格式并直接公布在UNFCCC的CDM网站上，标明监测时段的起始日期。接着，DOE正式执行核查并出具核查报告。在核查报告的基础上，出具书面的温室气体减排的核证文件。最后，DOE会完成一份核查报告和一份核证报告并对外公开。核证报告中需声明所核查的温室气体实际减排量。

       一旦完成核查与核证程序，项目参与方就可以开始推动CERs的签发。首先，DOE应使用『递交检查与核证报告及提请签发的CDM表格』,连同完成的核查、核证报告，通过UNFCCC的CDM网站上的特定电子提交工具，发送给执行理事会秘书处。

       秘书处正式受理后15天内，除非项目活动涉及方或至少3个执行理事会委员提出审查，执行理事会将指示CDM注册官签发特定时段具体数量的CERs，同时会告知项目参与方，并对外公布于UNFCCC的CDM网站上。

       如果执行理事会拒绝签发CERs的理由可通过修改核查核证报告等手段来解决，那么DOE还可以修改监测报告，并提请对同一时间内的CERs作第二次签发，执行理事会则会在下次会议中个案决定。如再次被拒，则没有可能第三次提请签发CERs。

       按照CDM项目模式和程序的规定，每次签发CERs时作为CDM管理费用的『收益分配』应当完成，CERs的签发才算生效。当然，项目注册时已经缴纳的『预付』注册费应当从中扣除。另外，所有CERs的2%部分将自动扣除划拨到一个特殊账户，即所谓的『适应收益分配』账户，为支持那些特别容易受到气候变化危害的发展中国家提供资金。在最不发达国家境内开发和执行的CDM项目活动，可以免除缴纳此项费用。