在科学识别环境治理目标后，就要合理确定治理内容。环境分区治理是综合性的，在考虑环境问题的同时还要考虑经济社会发展状况，协调经济发展、社会发展和环境保护之间的关系，促进区域协调发展。其性质应是促进发展的分区，不再是传统的“环境保护与经济发展相适应”的行政分区治理，而是“经济发展要和环境保护相适应”的环境分区治理，即经济发展的强度、规模、方式等都要和该区域的资源环境承载力、环境状况等自然条件相吻合，摒弃不顾自然条件的“匀质竞争”的模式。

《国务院关于编制全国主体功能区规划的意见》指出：“根据不同主体功能区的环境承载能力，提出分类管理的环境保护政策。优化开发区要实行更严格的污染物排放和环保标准，大幅度减少污染排放；重点开发区要保持环境承载能力，做到增产减污；限制开发区要坚持保护优先，确保生态功能的恢复和保育；禁止开发区要依法严格保护。”如武汉市依据城市总体规划，将生态框架体系分为生态底线区和生态发展区，并分级保护，防止城市无序发展，守住城市生态安全的底线。山体、湖泊、饮用水源地等生态核心元素，都受永久保护，划入生态底线区，受到最为严格的保护。

要实现上述分区治理目标，必须建立有别于传统模式的考核目标。环境分区治理是在确定区域主体发展功能的前提下针对区域具体环境状况、经济社会发展状况做出具体的环境应对措施。这种分区是建立在生态资源与环境保护利益基础之上的，能协调区域发展，由此带来不同主体功能区的地方政府职能不同。发展不再是政府的唯一职能，而是按不同主体功能区的职责来考核政府政绩，不再惟GDP是从。

这种考核一要体现绿色考核的理念，二要体现差别考核的理念。绿色考核就是将生态建设与环境保护绩效纳入政府考核体系，并成为“一票否决”的约束性条件。差别考核就是按照环境分区的不同定位考核地方政府。换言之，禁止开发区和限制开发区直接考核生态建设和环境保护。优化开发和重点开发区则通过调整产业结构、促进技术创新、提高资源利用率等方式促进生态建设和环境保护。政绩考核的差异性对环境分区管理目标的实现具有激励性和导向性。