EU ETS是欧盟实现《京都议定书》减排目标的重要手段，该减排目标采用绝对数量的形式。基于总量—交易模式，EU ETS的减排目标也采用具体的排放总量形式。换言之，EU ETS覆盖行业获允许的排放总量将在排放交易之前被设定。

    由于指令2009/29/EC对EU ETS总量设定方式进行了根本性修订，2013年以后的总量设定权限从成员国转移到欧盟[3]，从而将EU ETS的目标设定方式区分为两种模式。第一种模式是涵盖前两个交易阶段(2005~2012)的分散决策模式，总量目标主要通过各成员国的国家分配计划(National Allocation Plan，以下简称NAP)设定。第二种模式是将从2013年开始实施的集中决策模式，欧盟委员会直接设置覆盖欧盟范围的总量目标。换句话说，从2005年至2012年是一个高度分散的方式，成员国享有充分的自由裁量权进行政策选择，而2013年后是一个更加统一的方式，成员国的自由裁量权将被极大缩减，必须执行欧盟的相关决定[4]。

    1.分散决策模式(2005~2012)。在前两个交易阶段(2005~2012年)，EUETS被认为是一个相当分散的模式，除了欧盟委员会的一些决定外，充分的自由裁量权由成员国保留，尤其在关系到执行欧盟委员会决定的事项上更是如此[5]。在前两个交易阶段，成员国有权对位于其境内的参与排放交易的行业设定碳减排目标。原来的指令2003/87/EC本身并没有对欧盟设置一个排放总量的目标上限[6]，与此相反，EU ETS的整体排放总量等于各个成员国决定的总量目标之和。

    在这种分散决策模式下，EU ETS的总量目标通过各个NAP设定，其内容和程序规定在指令2003/87/EC的第9至11条及附件三中。根据指令2003/87/EC第9条规定，各成员国必须制定NAP，以便确定“位于其境内的参与排放交易的所有装置的碳排放总量，以及在第一、二交易阶段将要分配给每个装置的排放配额数量”；NAP的制定应基于客观、透明及附件三所列的标准，适当考虑、采取公众意见；在指令规定的适当时间内，成员国应将NAP公布并通知欧盟委员会和其他成员国，NAP将由一个特别委员会进行审议；在评估NAP后，如果该计划与附件三所列标准或第10条规定不符，欧盟委员会可以拒绝该计划；如果欧盟委员会决定全部或部分拒绝NAP后，应当对拒绝原因进行解释。相关成员国应提出新的修订方案，在欧盟委员会同意后方能作出最后的国家分配决定⑦。

    然而，欧盟委员会对NAP的拒绝权与成员国制定NAP的自主权之间存在着紧张关系[5]。在实践中，欧盟委员会评估并拒绝了很多NAP。例如，在第二交易阶段(2008~2012)10个成员国提交的第一批NAP中，仅英国的NAP被接受，其他9个成员国的NAP均被欧盟委员会在2006年11月29日作出的决定予以拒绝⑧。此外，欧盟委员会在其决定中显著地“削减”了某些成员国的总量目标[6]。欧盟委员会要求这些成员国对总量目标进行绝对数额或相对比例的削减，如被削减数额最大的是德国，达到其计划的总量目标的6％，而削减比例最大的是拉脱维亚，削减幅度达到56％[7]。值得注意的是，大多数被欧盟委员会要求大幅削减配额总量的成员国是新加入的东欧成员国，这主要因为欧盟委员会认为他们的总量目标超过了经核实的2005年排放水平。因此，很多来自东欧的成员国就欧盟委员会关于NAP的决定向欧盟法院提起诉讼，大量案件在前两个交易阶段涌现，如斯洛伐克诉欧盟委员会、波兰诉欧盟委员会、捷克共和国诉欧盟委员会、匈牙利诉欧盟委员会、爱沙尼亚诉欧盟委员会、拉脱维亚诉欧盟委员会、立陶宛诉欧盟委员会、罗马尼亚诉欧盟委员会等。

    2009年9月，法院认为欧盟委员会并没有遵循正当程序并超出其权力范围，波兰和爱沙尼亚在案件中获得胜诉⑨。在波兰诉欧盟委员会一案中，原讼法院(Court of First Instance，现更名为General Court，即普通法院)在2009年9月23日作出判决，废止欧盟委员会关于波兰NAP的决定。欧盟委员会向欧盟法院(Court of Justice of the European Union)提起上诉，但在2012年3月被法院正式驳回⑩。法院支持了这些成员国的诉求并废止了欧盟委员会关于这些成员国NAP的决定，主要原因在于法院认为欧盟委员会超出了其在NAP制定过程中的权限。而且，这些案件的诉讼结果，在某种程度上又促使欧盟委员会与成员国在EU ETS的立法修订中转向另一种决策模式。

    2.集中决策模式(2013~2020)。在2009年修订EU ETS指令时，欧盟委员会建议采取一种更加集中和统一的总量目标设置方式以取代上述分散决策模式。与第一种分散决策模式中由各成员国在NAP确定各自总量目标从而决定最后的EU ETS总量目标相反，第三个交易阶段(2013~2020)的总量目标将由欧盟集中决定。

    从2013年开始，一个欧盟层面的EU ETS总量目标将被设立，从而确定每年向EU ETS覆盖行业发放的排放配额总量(11)。因此，NAP或者成员国针对总量目标设定的相关决定将不复存在，总量目标的决定权限也从成员国转移到欧盟。由于EU ETS总体减排目标的实现责任将被转移到欧盟并要求所有EU ETS管辖行业共同行动，只有实施EU ETS规则的活动将继续停留在成员国水平[8]。换句话说，由于总量目标设定方式在欧盟层面上得到统一，相应的权力将从成员国转移到欧盟(主要由欧盟委员会代表)，成员国将失去设定国家总量目标的自由裁量权，成员国对位于其境内装置实施更为严格的总量目标的可能性也随之丧失[9]。而且，由于EU ETS的总量目标由欧盟委员会单独依法设定，成员国不能再制定NAP以决定各自总量目标，只能根据欧盟统一的分配方式对其境内的排放装置分配配额。因此，EU ETS在第三交易阶段的总量目标设定程序与分配程序将得以区分，并由欧盟委员会与成员国分别负责。