无论是领导干部离任自然资源资产审计，还是政府环境审计，其审计内容均包括合规性审计、绩效审计和财务审计3个方面。从环境要素的角度来考虑，又包括对水环境质量、大气环境质量、废物管理和生态环境质量等的审计。

合规性审计主要审计地方政府落实国家和上级政府有关环境保护的法律法规、环境标准、环境规划和政策的基本情况。包括是否制定环境保护目标并将目标分解到相关部门，目标指标是否具体和可考核；针对环境目标落实是否建立实施监测监控和灵活的调整机制；是否给予环境监测统计、执法监察部门充足的资源保障和行动能力；是否预见到环境政策实施过程中可能面临的风险并建立风险控制和应急体系；是否建立环境目标、环境规划和政策实施后评估机制；重大环境事件发生后是否按照国家规定采取妥善应急处置情况，是否按照有关法律规定实施了责任追究，追责是否到位等。

绩效审计主要审计地方政府环境履责成效，包括是否形成有效的环境监管能力和污染治理能力；主要污染物排放量是否降低；环境质量是否得到切实改善或达到规定的目标；在上述各领域是否达到相关规划和政策的预期目标；规划和政策实施是否具有较高的效益费用比，生物多样性和生态系统健康是否得到有效保护，公众健康风险是否降低等。

地方政府环境履责财务审计主要针对国家专项环保资金，从资金管理使用的合法合规性、资金收支的真实性和资金使用的绩效3方面开展。重点审计资金投入所形成的污染治理能力及产生的减排量、形成的环境监管能力，是否达到相关规划和政策目标要求等。

与一般审计相比，政府环境审计重点在于环境责任落实情况和环境履责成效，这是我国政府环境审计制度的着力点，也是政府环境审计制度的生命力所在。

国际上政府环境审计制度建立晚于企业环境审计。美国是最早推行政府环境审计的国家，最初的环境审计主要关注立法的执行情况。从20世纪80年代可持续发展概念提出以来，美国环保局针对日益严重的环境问题以及政府和企业环境保护责任履行，先后倡导并实施了清洁生产审计、污染场地环境审计、废物管理审计等。为推动政府环境审计开展，美国环保局专门编制了指导环境审计实施的技术指南。随着荷兰、加拿大、德国等西方发达国家政府环境审计工作的开展，尤其是在世界审计组织（INTOSAI）环境审计工作组（WGEA）推动下，政府环境审计的内容大大拓展，已经覆盖环境立法、规划和计划、环境政策和项目等各层面，内容涉及大气、水、废物和气候变化等各领域。目前，围绕政府环境审计实施，已经形成了一套相对完善的实施运行机制和配套的制度及技术保障体系。政府环境审计已逐步成为政府环境管理与保护的最有效工具之一。

我国早在20世纪80年代开始在资金审计的基础上，开展了部分资金使用绩效的审计工作。为此，国家审计署专门成立了农业与资源环保审计司，负责组织审计国务院主管部门和省级人民政府管理的资源能源、环境保护资金和项目。从环保部门来看，目前对各级政府环境质量保护责任的落实，主要通过检查评估和考核手段进行鉴证。由于考核手段偏软，考核结果对地方政府领导干部难以产生实质性影响，无法完全改变地方领导干部为追求政绩而盲目破坏资源环境的做法，造成我国目前环境管理手段部分失灵，加剧了环境污染和生态破坏。

“十二五”以来，环境保护部对政府环境审计工作的重视程度不断提高。2014年全国环境保护工作会议指出，要“研究推行环境审计制度，尤其是溯源审计，落实排污者责任”，并将建立环境审计制度作为2014年环境保护部重点改革任务之一。在环境保护部大力支持下，环境规划院联合中国环境与发展国际合作委员会、中国人民大学、南京大学等研究机构，先后编制完成了《环境审计试点技术指南》及《企业环境核算技术指南》，完成《政府环境审计制度框架研究》、《环境审计评价指标体系的建立和应用》、《国际环境审计制度经验和案例研究》等多份研究报告，形成了建立和实施政府环境审计制度的总体技术框架。

随着政府环境审计制度建设工作步伐的大大加快，2015年2月15日，环境保护部印发了《关于开展政府环境审计试点的通知》，标志着政府环境审计工作的正式启动。3月6日，《中国环境报》头版报道“环境保护部下发《关于开展政府环境审计试点工作的通知》，决定在兰州率先试点开展政府环境审计”，并在2版刊登了规财司司长赵华林专访和兰州市市长袁占亭署名文章。随着试点深入开展，政府环境审计制度将不断发展完善，并对我国环保工作产生巨大的推动性作用。