根据碳基金的设立方式不同，碳基金想要达成的目标也有所不同。由政府设立的碳基金不管其运营方式、目标基本相同。主要是希望通过CDM项目购买的方式，缩小本国《京都议定书》的目标与国内潜在减排量之间的差距。同时这些碳基金还要帮助企业和公共部门减少二氧化碳的排放，提高能源效率和加强碳管理，并且投资低碳技术的研发。而由世界银行参与设立和管理的碳基金都打有世行政策的烙印。这些碳基金不仅要完成本国的目标，还要与世界银行合作完成其战略目标。要求促进高质量的减排，为可持续发展和降低《京都议定书》造成的成本做出贡献。促进知识的传递，为参与者提供干中学的机会，使参与者学习到CDM和JI框架下学习发展所需的政策、规定和商业运行方式。促进国有与私营合作的模式，诠释世界银行的国有与私营合作模式是如何通过市场机制使资源配置更有效率。还要确保碳基金参与者与宗主国之间由于减排项目带来的其他收益、利益分享均衡。由企业出资的碳基金则主要为了从购买CDM项目并转卖中获取利润。