近年来，我国的环境保护监管工作在机构建设和监管能力建设等方面取得了长足发展。但是，在环境监管体制机制方面仍存在一些问题，制约了环境监管工作发展。环境保护部部长陈吉宁指出，要深化环保领域改革。因此，当前急需制定切实可行的环境监管体制机制改革方案，推动环境监管工作有序发展。

首先，在横向上，环境监管职能分散，权力与责任不对等，统一监管不足，环境与发展的综合决策体系不健全；在纵向上，上下级的环境保护监督乏力，地方政府缺乏严格监管的动力。

我国现行的环境保护行政监管体制机制，在防治环境污染、遏制生态破坏、保障生态安全等方面发挥了重要作用，但也存在一些统筹不足的现实问题。什么是统一监督管理？统一管理和分工负责有何区别？统一监督是否包括环境保护主管部门对其他部门履职情况的监督？对于这些问题，法律没有进一步的界定。当前，理论界普遍认为，环境保护包括对自然资源的保护，环保部门统一监督管理就是环境保护主管部门统一指导、协调和监督自己和其他部门在自然资源和环境保护方面的工作。但这一观点并未得到相关政府部门的认同，其原因在于，部分政府部门担心自己分工负责的职权会因环境保护主管部门的统一监督管理而被架空，更不愿意看到另外一个非监察性质且与自己平级、互不统属的政府部门来监督自己的履职情况。

此外，由于自然资源之间、生态环境与处于其中的自然资源之间具有相互影响性，因而，当有关部门因环境污染、生态破坏、资源开发利用等事项发生交互性的职权纠纷和矛盾时，环境保护主管部门的统一指导、协调和监督等职权作用的发挥，常常难以得到其他部门的认同。这不仅影响环境保护行政统筹监管的效率，而且阻碍了环境和自然资源保护全局工作的开展，也损害了政府的公信力。所以，从应然性角度来看，目前环境保护主管部门统一监督管理作用的实际发挥还相当不够。

尽管新修订的《环境保护法》规定了生态补偿等自然资源保护措施，但从整体上看，与生态保护有关的自然资源开发利用、林业环境、农业环境、水环境、水土保持等方面的规定仍呈现出修改少、综合性不足的问题，立法结构瘸腿的现象没有得到纠正。基于《环境保护法》属于全国人大常委会通过的法律，与《水法》、《森林法》、《土地管理法》等法律的层级一样，难以起到统帅作用。因此，一些学者认为，此次修订的《环境保护法》虽可以为环境保护主管部门提高执法监管能力和实效所用，但对于水利、国土、林业、海洋等部门则难以适用。

可以说，在横向上，环境监管统管部门与行业主管部门之间存在职能交叉，且缺乏制度化、程序化、规范化的沟通协调机制。导致环境监管实际工作中常出现互相推诿或扯皮现象，难以实现有效的统一监管。尽管在中央层次已经建立了全国环境保护部际联席会议机制，但这一机制缺乏行使职能的法定途径，且在促进综合决策、加强环保协调方面作用有限。自2014年起，全国100多个市县开始实行环境保护多规合一机制，即经济社会发展总体规划与环境保护规划、国土资源规划、城市建设规划合一，从而实现环境保护与经济社会发展综合决策的目的。这一措施的覆盖面还应继续加大。

在纵向上，环境监管体制最突出的问题在于有效性不足，即中央对地方的环境监管缺乏有效约束。其主要原因在于，地方各级环境行政主管部门的人事任免和财权都在同级党委和政府手中，上级环境保护部门作为专业指导和监督部门，难以有更大的约束和监督手段。

其次，社会和市场参与不足，多元共治的环保体制机制尚未健全。

国家治理体系是指治国理政的制度体系，国家治理能力现代化是指治国理政能力的现代化，因而，可以把两者分别总结为制度体系和制度能力。其核心是在党的领导下和政府负责下，通过制度建设，吸收各方面的力量参与环境保护，实现环境共治。

环境保护需要常态性监管，而我国政府的监管力量具有偶然性的特点，具有视野有限的局限性。政府常因监管力量不足而引起现场监管缺位的窘况。相对于广泛的违法行为而言，环境保护主管部门能够作出处罚的违法行为十分有限，无法实现全面、有效打击违法行为的目的。然而，社会公众监督资源非常丰富。在绝大多数场合中，其监督的力量是常态存在的。

但是，我国当前环境立法和法律实施，仍过分强调行政力量掌控作用的发挥，未对公众的常态性监督力量给予足够重视，导致环境保护钓鱼执法、选择执法、寻租执法、滞后执法等执法不公、执法缺位的问题层出不穷，使环境法律规范的实施走了调、变了样。