在碳排放配额的分配方面，各试点依据免费为主、适时推行拍卖等有偿方式为辅的原则，同时又各有特色。
如上海大部分行业将按“历史排放量分配法”分配配额，而对部分有条件的行业，将按“行业基准线法则”分配配额。纳入配额管理的单位可使用一定比例的国家核证自愿
减排量(
ccer)履行清缴义务。清缴时，一吨国家核证自愿减排量相当于一吨二氧化碳排放配额，使用比例最高不得超过当年度通过分配取得的配额额度的5%。
广东省特别提出，对新建固定资产投资项目，其是否获得与碳排放评估结果等量的碳
排放权配额，可作为各级投资主管部门履行审批手续的重要依据。
深圳则按照国际惯例，在
碳交易试点期，配额分配以免费分配为主，拍卖分配为辅，以后将逐步扩大拍卖的比例，逐步向完全拍卖过渡。
