政府通过拍卖方式分配配额，从经济学上来说效率最高，同时也能让控排企业为自身排放付费，符合“谁污染谁付费”的原则。但政府通过“创造”出一个全新的市场，然后通过市场拍卖获得大量金钱，如果没有一个合理的章程安排这部分资金，将容易遭受社会的非议。因此，政府在决定将部分/全部配额进行拍卖时，应制定款项使用细则，并向社会公布。
理论上说，政府拍卖配额后的收入有以下几种处理方法：
一、通过某种方式返还竞卖方。政府可以将拍卖所得设立基金，支持竞卖方有利于产生应对气候变化效益的产业活动。例如成立有关的
减排技术资助项目，企业进行有关的减排技术改造可以申请补贴。
二、减少某种特定税种的税率。根据“税收中性”原则，政府在增加一个新税种的同时，应该减轻已有税种的税率，保持企业总体负担不变。虽然企业参与配额拍卖与纳税不同，但政府若每年都要求企业参与拍卖或定价购买配额，那从实际效果上同样是增加了企业的负担。因此减少企业其他税种方面的税率也是一个增加企业接受程度的办法。
三、放入政府一般性收入中。如果通过减少其他税种税率等方式减少企业负担，则会造成政府收入减少，可以将拍卖纳入政府财政中予以补充。但如果没有其他返还或者企业减负的途径，直接纳入到政府的一般性收入中，则容易引起争议。
四、返还消费者。企业在付出金钱购买配额后，往往会通过提价等方式从消费者手中收回成本。政府可以设计特殊的规则，将拍卖所得补贴到消费者身上，减少消费者的负担。
五、投入其他低
碳减排项目。政府可以建立专项基金，支持有利于加强应对气候变化能力建设和提高公众应对气候变化意识的相关活动。或基金通过有偿使用方式支持有利于产生应对气候变化效益的产业以及金融活动。
