无害化包含两层含义，一是生活垃圾处理设施应具备无害化处理的能力，二是设施实际运行过程能够实现水和空气污染物连续达标排放以及符合卫生标准。

《报告》指出，2006-2012 年城市生活垃圾无害化处理能力（用城区的无害化处理率表达）逐年提高，2012 年已达 93.43%，但若考虑市辖区的农村部分，则无害化处理率均值仅为62.02%，可以说其余接近40% 的垃圾（主要指农村的垃圾）没有收集或收集了只是简单堆放，尚未进行无害化处理。而且由于目前卫生填埋场和焚烧厂的废水、废气等污染物排放达标信息没有公布，不足以证明连续达标排放，渗滤液的超标排放也常见诸报道。无害化处理水平在城市间差异较大，一些末端处置支出很低的城市，超标排放的可能性较高。由于生活垃圾管理普遍由城市政府负责，环保监管存在部分失灵的问题。

此外，《报告》指出，生活垃圾的简单填埋仍占一定比例。2012 年，全国有数据的地级及以上城市生活垃圾简单填埋量为814.1 万吨，占垃圾清运量的 6.59%。而简单填埋并非无害化处置，产生的大量渗滤液不处理直接排放将污染地下水和土壤。